Proizvodnja semena metodama organske proizvodnje vrši se u skladu sa propisima kojima se uređuje proizvodnja semena, rasada i sadnog materijala, uz primenu metoda organske proizvodnje. U organskoj biljnoj proizvodnji koriste se vrste i sorte bilja koje su prilagođene lokalnim agroekološkim uslovima. Prilikom izbora sorti bilja prioritet imaju domaće autohtone sorte i sorte tolerantne na prouzrokovače bolesti i štetočine.
U proizvodnji organskih proizvoda koji nisu reproduktivni materijal koristi se reproduktivni materijal koji je proizveden metodama organske proizvodnje. Reproduktivnim materijalom koji je proizveden metodama organske proizvodnje, u skladu sa pravilnikom, smatra se seme, odnosno vegetativni reproduktivni materijal čija je majčinska biljka, odnosno matična biljka uzgajana metodama organske proizvodnje najmanje jednu generaciju, odnosno, u slučaju višegodišnjih biljaka, najmanje dve vegetacione sezone.
Biljne vrste i sorte koje se koriste kao reproduktivni materijal u organskoj proizvodnji upisuju se u bazu reproduktivnog materijala na osnovu obaveštenja dobavljača reproduktivnog materijala. Dobavljač reproduktivnog materijala u organskoj proizvodnji je pravno lice sa sedištem u Republici Srbiji koje proizvodi, dorađuje, stavlja u promet ili uvozi reproduktivni materijal koji se koristi u organskoj proizvodnji. Svaka biljna vrsta i sorta koja nije upisana u bazu reproduktivnog materijala smatra se da nije dostupna za organsku proizvodnju, odnosno da je nema na tržištu.
Ako na tržištu nema reproduktivnog materijala koji je proizveden metodama organske proizvodnje, u organskoj proizvodnji koristi se prvenstveno reproduktivni materijal iz perioda konverzije.
Izuzetno, u organskoj proizvodnji može se pre setve odobriti, u skladu sa zakonom kojim se uređuje organska proizvodnja, upotreba reproduktivnog materijala iz konvecionalne proizvodnje, pod uslovom da taj materijal nije tretiran sredstvima za zaštitu bilja koja nisu dozvoljena u organskoj proizvodnji, ako:
1) na tržištu nema reproduktivnog materijala koji je proizveden metodama organske proizvodnje;
2) je korišćenje tog materijala opravdano za sprovođenje naučnoistraživačkih ispitivanja;
3) se radi o autohtonoj sorti.