Savremeni sistem upravljanja organskom proizvodnjom u stočarstvu regulisan je zakonskim aktima. Prema Pravilniku o kontroli i sertifikaciji u organskoj proizvodnji i metodama organske proizvodnje (Objavljen u „Službenom glasniku RS”, broj: 48/11), metode organske stočarske proizvodnje obuhvataju izbor vrsta i rasa životinja; način uzgoja životinja i objekte za uzgoj životinja; ishranu i zdravstvenu zaštitu životinja; prevoz i klanje životinja; postupanje sa životinjama koje su nabavljene sa drugih farmi; način sakupljanja životinjskih vrsta iz prirodnih staništa, u skladu sa zakonom kojim se uređuje organska proizvodnja.

Pri izboru rasa ili sojeva životinja na koje se primenjuju metode organske stočarske proizvodnje (to mogu biti goveda, konji, svinje, ovce, koze, živina, pčele), uzima se u obzir sposobnost životinja da se prilagode lokalnim uslovima, njihova vitalnost i otpornost na bolesti, a prednost treba dati autohtonim rasama i sojevima.

U objektima za uzgoj životinja broj životinja koje se uzgajaju treba da bude odgovarajući, kako bi se omogućilo da životinje imaju dovoljno prostora, dobre životne uslove, kao i mogućnost zadovoljenja specifičnih potreba i navika.

U organskoj stočarskoj proizvodnji koristi se hrana za životinje koja prvenstveno potiče sa poljoprivrednog gazdinstva na kome se životinje uzgajaju i na kome se primenjuju metode organske proizvodnje, ili sa drugih poljoprivrednih gazdinstava na kojima se primenjuju metode organske proizvodnje i koje su, po mogućnosti, iz istog regiona.

Zgrade, objekti za smeštaj životinja, oprema i pribor koji se koriste u organskoj stočarskoj proizvodnji treba redovno čistiti i dezinfikovati na propisan način, kako bi se sprečilo širenje zaraze i razmnožavanje organizama koji prenose bolest, a izmet, urin i nepojedena ili prosuta hrana treba da se redovno uklanjaju.

Zdravstvena zaštita životinja u organskom stočarstvu bazira se na poštovanju principa „prevencija pre lečenja“. Ako se i pored primene preventivnih mera životinje razbole ili povrede, treba odmah otpočeti sa njihovim lečenjem i ako je potrebno, izolovati ih u odgovarajućim prostorijama.

U lečenju životinja u organskoj stočarskoj proizvodnji prednost nad hemijski sintetizovanim alopatskim veterinarskim lekovima ili antibioticima imaju fitoterapeutski, homeopatski i imunološki proizvodi, elementi u tragovima, hrana za životinje mineralnog porekla (Iz Priloga 7 pomenutog Pravilnika) i aditivi u ishrani (iz Priloga 8 pomenutog Pravilnika), pod uslovom da je njihovo terapeutsko dejstvo delotvorno kod određene vrste životinja i u lečenju određenih bolesti.

Životinja se u organskom stočarstvu razmnožavaju prirodnim putem, s tim što se, u pojedinim slučajevima, može izvršiti veštačka oplodnja, osim kloniranja i presađivanja embriona.