Organska zaštita bilja zasniva se uglavnom na preventivnim merama. Preventivne mere zaštite postižu se: skupljanjem i spaljivanjem biljnih ostataka, plodoredom, izborom osunčanih parcela na blagim kosinama (izbegavati parcele na senovitim mestima ili ispod šume), prilagođenim vremenom setve (tako da se biljke ne nalaze u osetljivoj fenofazi u periodu povoljnom za pojavu patogena i štetočina), pravilnim postavljanjem redova prilikom setve ili sadnje (postavljati ih u pravcu duvanja čestih vetrova), korišćenjem optimalne i preporučene doze organskih đubriva za određene biljne vrste, sistemom za navodnjavanje kap po kap, zastiranjem zemljišta malč folijama ili prirodnim materijalima (slama, strugotina, lišće i slično), dezinfekcijom objekata i alata, dezinfekcijom zemljišta solarizacijom ili vodenom parom, upotrebom dobrog i zdravog rasada itd.

S obzirom na to da u organskoj proizvodnji nije dozvoljena upotreba sintetičkih hemijskih preparata, suzbijanje bolesti, štetočina i korova predstavlja najveći problem sa kojim se sreću proizvođači. Korovi se u organskoj poljoprivredi mogu kontrolisati: ručno (okopavanjem, košenjem pre nego korovi proizvedu seme), gajenjem međuuseva, solarizacijom (u toplijim krajevima u toku leta zastiranjem folijom zemljišta u periodu 6-8 nedelja) itd. Bolesti i štetočine se kontrolišu planiranjem i primenom mera opreza kao što su vreme i način sadnje, plodored, izbor zdravog i kontrolisanog sadnog materijala i sorti otpornih na bolesti, primenom komposta, korišćenjem čiste opreme, brzim odlaganjem tj. uklanjanjem bolesnih biljnih ostataka. Dozvoljena je primena određenih sredstava i biopesticida, ali se oni koriste isključivo kad je neophodno. Informacije o ovim sredstvima, kao i njihove komercijalne nazive, proizvođači mogu naći na internetu, dobiti kod savetodavne službe ili sertifikacionog tela.